تتضمن قصة سيدنا يعقوب ويوسف عليهما السلام العديد من الإعجازات العلمية، ومنها:
1- الوراثة: حيث أن يعقوب عليه السلام هو والد يوسف عليه السلام، وهذا يعني أن يوسف يرث صفات وملامح والده، وهذا يعتبر من الإعجازات العلمية الحديثة في مجال الوراثة.
2- الصمود النفسي: حيث تظهر في القصة صفة الصمود النفسي التي أتاحت ليوسف أن يتحمل الصعاب والمحن التي واجهته من إخوته وغيرهم، وهذا يعتبر إعجازاً علمياً في مجال علم النفس.
3- الرؤيا وتفسير الأحلام: حيث تظهر في القصة قدرة يوسف علي تفسير الأحلام وتنبؤها بما هو قادم، وهذا يعتبر من الإعجازات العلمية في مجال تفسير الأحلام وعلم النبؤات.