يمكن أن يؤدي تطوير الموارد المائية إلى تغييرات في البيئة المائية، وبالتالي يمكن أن يؤثر على الكائنات الحية والأنظمة البيئية المائية. ومن بين الآثار البيئية الرئيسية لأعمال تطوير الموارد المائية:
1- تغيير في أنماط التدفقات المائية: قد يؤدي تطوير الموارد المائية إلى تغيير في أنماط التدفقات المائية، وهو ما يمكن أن يؤثر على النظام البيئي المائي وعلى الحياة البرية.
2- تغيير في الموائل الطبيعية: قد يتطلب تطوير الموارد المائية إنشاء سدود وقنوات وبنية تحتية أخرى، وهو ما يمكن أن يؤدي إلى تغيير في الموائل الطبيعية وفقدان المناطق الرطبة والأراضي الزراعية والمناطق الوعرة الأخرى.
3- تغيير في نوعية المياه: قد يؤدي تطوير الموارد المائية إلى تغيير في نوعية المياه بسبب تغييرات في التدفقات المائية والتلوث الناتج عن الأنشطة البشرية.
4- تأثير على الأنواع الحية: قد يؤثر تطوير الموارد المائية على الأنواع الحية المتواجدة في المنطقة، وخاصة الأنواع الحية التي تعتمد على النظام البيئي المائي للبقاء على قيد الحياة.
5- تأثير على الاستدامة البيئية: قد يؤدي تطوير الموارد المائية إلى تأثير سلبي على الاستدامة البيئية والاقتصادية في المنطقة، خاصة إذا كان التطوير يؤدي إلى تغييرات جذرية في المناخ أو تدمير الموائل الطبيعية.