تتعرض المستنقعات للعديد من التهديدات البشرية، بما في ذلك:
1- التلوث: يتم إلقاء مجموعة واسعة من الملوثات الكيميائية في المستنقعات، مما يؤدي إلى تلوث المياه وتأثيره على حيوانات المستنقعات والنباتات.
2- الإزالة البيئية: يتم تحويل المستنقعات إلى أراضي زراعية أو مناطق سكنية، مما يؤدي إلى فقدان أراضي المستنقعات وتخفيض مستوى التنوع الحيوي.
3- الحصاد: تتم زيادة النمو الحضري في العديد من مناطق المستنقعات، مما يؤدي إلى شح المياه وفقدان الموائل الطبيعية للحيوانات والنباتات.
4- التغير في درجة الحرارة: تتأثر المستنقعات بتغير درجة حرارة المياه نتيجة لتأثيرات التغير المناخي، مما يؤدي إلى تغير نوعية الحياة الموجودة في المستنقعات.
5- الصيد غير المشروع: يتم صيد الحيوانات الموجودة في المستنقعات بصورة غير قانونية، مما يؤدي إلى فقدان بعض الأنواع وترهيب البعض الآخر.