تختلف درجة أمان مدفوعات التجارة الإلكترونية حسب طريقة الدفع ونوع الخدمة المستخدمة.
في حال استخدام خدمات الدفع الإلكتروني المعتمدة والموثوقة مثل PayPal، Visa، Mastercard وغيرها، فإن مدفوعات التجارة الإلكترونية تكون آمنة. تعتمد هذه الشركات على أحدث التقنيات الأمنية لمنع الاحتيال والاختراقات الإلكترونية.
ومع ذلك، يجب أن يتخذ المستهلك الحذر اللازم عند إدخال تفاصيل الحسابات البنكية أو بطاقة الائتمان. يجب التأكد من أن الموقع الذي يتم الشراء منه آمن وموثوق به، كما ينبغي تجنب إدخال تلك التفاصيل عبر شبكات واي فاي غير آمنة، ويجب تفقد صلاحية اتصال الموقع. كما يمكن تجنب الاحتيال عبر التحقق من شهادة SSL الخاصة بالموقع على شريط العنوان، والتأكد من وجود الأيقونة الموجودة على شكل قفل خضراء.
بشكل عام، المدفوعات الإلكترونية تتمتع بمستوى عال من الأمان، ومع اتخاذ الحذر اللازم، يمكن التسوق عبر الإنترنت بأمان.