يوجد العديد من الاختلافات بين Windows 2000 وأنظمة التشغيل الأخرى، ومن أهم هذه الاختلافات:
1- نوعية الواجهة الرسومية: تعتبر واجهة Windows 2000 من نوع NT ، وهي تتمتع بالمرونة والقدرة على العملية الأمنية.
2- نوعية البرامج: تقدم Windows 2000 مجموعة من البرامج المحسّنة والأدوات الاحترافية في مجال إدارة الشبكات والأمان والأعمال المكتبية.
3- دعم الأجهزة: تدعم Windows 2000 نوعية مختلفة من الأجهزة وملحقات الطابعة ودعم DirectX و OpenGL.
4- خدمات الشبكة: يتمتع Windows 2000 بخدمات شبكة متقدمة ومرونة عالية ودعم لشبكات Active Directory.
5- الأمان: توفر Windows 2000 خيارات أمان متعددة ومجموعة من خدمات الحماية المضمّنة لتلبية متطلبات الأمان الاحترافية.