توجد العديد من المشاكل المحاسبية التي يمكن أن تظهر في أي منظمة أو شركة، ومن بين هذه المشاكل:
1- الاختلافات بين الحسابات المالية والحسابات المصرفية.
2- صعوبة تحديد القيمة الإخراجية للمنتجات أو الخدمات المقدمة.
3- عدم تطابق الأرقام في الجرد مع الأرقام في سجلات المحاسبة.
4- تأخر تسجيل العمليات المحاسبية بسبب عدم وجود إجراءات محاسبية سليمة.
5- صعوبة تحليل المعلومات المالية وإعداد التقارير المالية الدورية.
6- عدم تطابق البيانات الضريبية مع البيانات المحاسبية.
7- عدم استخدام نظام محاسبي حديث ومتكامل.