تستخدم الهندسة البيولوجية في الصناعات الغذائية لتحسين عمليات إنتاج الأغذية وتصنيعها، وتحسين جودتها وسلامتها الغذائية، وتحسين متانة المنتجات ومدة صلاحيتها، وتقليل التكاليف والوقت اللازم للإنتاج وتقليل النفايات، وتحسين النباتات والحيوانات المستخدمة في الغذاء. وتمثل الهندسة البيولوجية إضافة التقنيات الحديثة في علوم الحياة مثل التكنولوجيا الحيوية والجينوميك، والتي توفر سبلًا جديدة لتحسين جودة وكفاءة الإنتاج الغذائي.