يمكن ربط برمجة المواقع الإلكترونية بالتجارة الإلكترونية عن طريق الاستخدام الفعال لمعالجة البيانات والتفاعل بين الصفحات المختلفة للموقع ومتاجر الكترونية مرتبطة به.
يتم ذلك من خلال استخدام برامج المعالجة التي تستخدم لغات برمجة مختلفة وقواعد بيانات لتخزين واسترجاع المعلومات المتعلقة بالمنتجات والمشتريات. كما يمكن الاستفادة من برامج الدفع الآمنة الإلكترونية لتأمين المدفوعات الإلكترونية.
علاوة على ذلك، يمكن أن يكون هناك تفاعل بين المواقع الإلكترونية وإدارة المخزون وإدارة الطلبات لتسهيل عملية البيع والشراء.