يمكن تنظيم نظام التحكم الداخلي في المحاسبة الحكومية باتباع الخطوات التالية:
1- تحديد المسؤوليات والصلاحيات: يجب تحديد المسؤوليات والصلاحيات لكل فرد في الجهة الحكومية، حيث يجب أن تكون هذه المسؤوليات والصلاحيات محددة بشكل واضح ومفصل.
2- توحيد الإجراءات: يجب توحيد الإجراءات في المحاسبة الحكومية، حيث يجب أن تتبع جميع الجهات الحكومية نفس الإجراءات المحاسبية.
3- إعداد السجلات المحاسبية: يجب إعداد السجلات المحاسبية وتحديثها بشكل دوري، ويجب أن تكون هذه السجلات محدثة بما يتماشى مع الإجراءات المحاسبية المعتمدة.
4- تدقيق الحسابات: يجب تدقيق الحسابات بشكل دوري، حيث يتم التأكد من صحة السجلات المحاسبية ومطابقتها للوثائق المالية.
5- التدريب والتطوير: يجب تدريب العاملين في المحاسبة على الإجراءات المحاسبية المعتمدة وتطوير مهاراتهم بشكل دوري.
6- التقارير المالية: يجب إعداد التقارير المالية بشكل دوري وتقديمها للإدارة العليا، حيث تشمل هذه التقارير الحسابات الرئيسية والتفصيلية والميزانية العمومية والتقارير الأخرى المتعلقة بالمحاسبة.