تصميم الأدوات الحيوية المستخدمة في الهندسة البيولوجية يتطلب معرفة بالتقنيات الحيوية والمواد التي يتم استخدامها. ويتم تصميم الأدوات الحيوية بناءً على الغرض الذي سيتم استخدامها له، ومنها:
1- أدوات المختبرات الحيوية: تشمل أدوات جمع العينات وقياس الحموضة ومعدات الطلاء والطباعة والتعقيم، وغيرها.
2- الأدوات الجراحية: مثل المقصات والمشابك والشفرات والمناظير والأبراز، وغيرها.
3- الأدوات النانوتكنولوجية: تشمل على المواد النانوية والمودات النانوية والأدوات السنتيمترية.
4- أدوات التشخيص الحيوي: كأدوات قياس الضغط الدم وأجهزة الرصد وغيرها.
يتم تصميم هذه الأدوات بواسطة فريق من المهندسين البيولوجيين وخبراء التقانة الحيوية والأطباء، ويتطلب العمل قدرًا كبيرًا من الاهتمام بالتفاصيل والاحتياطات الصحية والتقانية لتحقيق ما يطلب من الأداة.