يمكن التحكم في محركات الأردوينو بعدة طرق منها:
1- استخدام متحكمات محركات خاصة: يوجد العديد من متحكمات المحركات المتوافقة مع الأردوينو مثل L293D و L298N. يمكن توصيل المتحكمات هذه بالأردوينو وتوصيل المحركات بالمتحكمات واستخدام التعليمات المناسبة لتشغيل وإيقاف المحركات وتحديد اتجاه الدوران وسرعته.
2- استخدام PWM: يمكن استخدام مخرج PWM في الأردوينو لتحكم في سرعة دوران المحركات. عند استخدام المرجلات الكهربائية (MOSFET أو Transistor) يتم توصيلها بالمحركات وتحكم في سرعة المحرك عن طريق تغيير نبضات التيار الكهربائي.
3- استخدام مكتبة Servo.h: يمكن استخدام هذه المكتبة لتحكم في المحركات التي تعمل على شكل servo. لا يمكن تطبيق هذه الطريقة على أنواع المحركات الأخرى. يتم توصيل المحرك بمخرج PWM في الأردوينو وتعيين قيمة الزاوية المطلوبة حسب رغبة المستخدم.