تستخدم هندسة الموارد الحيوية في مجال البيئة بعدة طرق، من أهمها:
1- إنتاج وتحويل الطاقة المتجددة: يمكن استخدام هندسة الموارد الحيوية في إنتاج الطاقة المتجددة، مثل الطاقة الشمسية والرياح والبيوغاز. ويمكن استخدام هذه الطاقة في توليد الكهرباء والحد من الاعتماد على الوقود الأحفوري الذي يسبب التلوث.
2- معالجة المخلفات: يمكن استخدام الهندسة الحيوية لتفتيت المخلفات العضوية وتحويلها إلى مواد صديقة للبيئة. ويمكن استخدام هذه المواد في إنتاج السماد العضوي والغذاء للنباتات.
3- تنقية المياه: يمكن استخدام الهندسة الحيوية في تنقية المياه، مثل استخدام النظم الإيكولوجية المائية (Ecohydrology) والأحواض الطبيعية (Wetlands) لتنقية مياه الصرف الصحي.
4- زراعة النباتات وتربية الحيوانات: يمكن استخدام الهندسة الحيوية في تحسين زراعة النباتات وتربية الحيوانات، مثل استخدام التقنيات الحيوية لتحسين الإنتاجية وتقليل الاعتماد على المبيدات الحشرية.
5- حماية الحياة البرية: يمكن استخدام الهندسة الحيوية في حماية الحياة البرية، مثل استخدام التقنيات الحيوية لحماية الأنواع المهددة بالانقراض والحفاظ على التنوع الحيوي.