تستخدم برامج الحوسبة في هندسة التربة المائية في عدة مجالات، منها:
1- تصميم السدود والمنشآت الرياضية: حيث يتم استخدام برامج النمذجة الهيدرولوجية لتحليل سلوك المياه في الأنهار والأخاديد الطبيعية وحساب الأمطار والتبخر والتخزين وتدفق المياه ومخزونها وتمثيلها بصورة رقمية وتصميم المعابر والحواجز والمناهل والاستنزاف.
2- تحليل تأثير التلوث على المسطحات المائية: حيث يتم استخدام برامج النمذجة الرياضية لتحليل نشاط العوالق وغيرها من المتغيرات الكيميائية والبيولوجية في المسطحات المائية من خلال إدخال بيانات عن تركيز الملوثات ومصادرها وعمرها النصفي والنوعية وتمثيلها رقميًا.
3- تطوير استراتيجيات إدارة الموارد المائية: حيث يتم استخدام برامج النمذجة الرياضية لتحليل أنماط استخدام المياه الخالصة والملوثة وتوزيعها وبذلك تجنب القضاء عليها وتحسين نوعية المياه المتاحة واستدامة تدفق المياه وتحسين تحديد الأولويات والخطط الإستراتيجية للتحكم في الموارد المائية.