يمكن استخدام الكيمياء الضوئية في علم الصيدلة بعدة طرق، ومنها:
1- التشخيص الطبي: حيث يمكن استخدام الكيمياء الضوئية في تحليل العينات الحيوية مثل الدم والبول واللعاب والأنسجة الحية وتحديد تركيز المركبات المختلفة الموجودة فيها، وهذا يساعد في تشخيص الأمراض وتقييم فعالية العلاج.
2- العلاج الضوئي: حيث يتم استخدام الضوء المنبعث من مصادر معينة لعلاج بعض الأمراض مثل حب الشباب والصدفية وبعض أمراض الجلد والسرطان.
3- تحضير الأدوية: حيث يمكن استخدام الكيمياء الضوئية في تحضير بعض الأدوية المضادة للفيروسات والبكتيريا والأورام وذلك بتعريض بعض المركبات الكيميائية للضوء المناسب لتحويلها إلى مركبات فعالة.
4- البحوث العلمية: حيث يمكن استخدام الكيمياء الضوئية في دراسة العديد من العمليات الحيوية مثل الأيض والتفاعلات الكيميائية وتحليل البروتينات والحمض النووي وتطوير أساليب جديدة لتحليل العينات الحيوية.