يمكن استخدام التصميم الحاسوبي في هندسة البروتينات عند تعديل أو تصميم بروتين جديد، وذلك باتباع الخطوات الآتية:
1- تحليل البروتين وفهم تركيبه الجزيئي وطرق عمله.
2- اختيار الحاسوب المناسب وبرامج التصميم الحاسوبي.
3- التصميم الحاسوبي لجزيئات جديدة مستندة إلى الهيكل الثلاثي للبروتين.
4- التحقق من صحة الجزيئات المصممة واختبارها باستخدام برامج النمذجة الجزيئية وتحليل ديناميكية المركب.
5- إنتاج الجزيئات الجديدة بالاعتماد على التصميم الحاسوبي وإجراء عمليات التجميع وإختبار الجودة.
يمكن لهذه الخطوات المذكورة أعلاه أن تحافظ على خصائص البروتينات الأصلية وتزيد من قدرات البروتين الوظيفية وفترة استمراره في العمل.