يمكن استخدام أطلس الجغرافيا في العلوم البيئية بعدة طرق، منها:
1- تحديد المناطق الجغرافية المهمة للدراسة البيئية وتحديد الخصائص الطبيعية والبيئية لهذه المناطق، مثل المسطحات المائية والغابات والصحاري والجبال والسهول.
2- تحليل العوامل الجغرافية والبيئية المؤثرة على الحياة البرية والحياة البحرية، مثل درجات الحرارة والأمطار والرياح والتضاريس والتربة والمسطحات المائية.
3- تحليل تأثير النشاط الإنساني على البيئة، مثل التلوث الهوائي والمائي والتربي والضوضاء والاحتباس الحراري والتغيرات المناخية.
4- تحليل التغيرات في البيئة والتنبؤ بالتأثيرات المستقبلية، مثل تغير درجات الحرارة والأمطار وارتفاع مستوى البحار والمحيطات وتغير الغطاء النباتي والحيواني.
5- تصميم الخرائط والرسومات التوضيحية للمعلومات البيئية الهامة، مثل مسارات الحيوانات المهاجرة والتنوع البيولوجي والفقرات الجغرافية الحيوية ومواقع التلوث والمحميات الطبيعية والمناطق الحساسة للتغيرات المناخية.