يختلف التدفق عبر الكيان عن طرق الضرائب الأخرى بعدة نقاط، وهي:
1- يتم حساب الضرائب على التدفق النقدي (الواردات والمصروفات) للكيان وليس على الأرباح الصافية.
2- يتم تقدير المبالغ المطلوبة للدفع كضرائب بشكل مسبق، ولا يتم تعديلها بناءً على الأرباح الفعلية للكيان.
3- يتم تحميل الضرائب على المدفوعات الخارجية للكيان، مثل الديون والفواتير والأجور، وليس فقط على العوائد الداخلة للشركة.
4- قد تكون هناك تفاوتات في معدلات الضرائب والإعفاءات الضريبية بين الدول المختلفة، مما يؤثر على تكاليف المعاملات الدولية.
5- يتم استخدام نظام التدفق عبر الكيان في الغالب للكيانات الضخمة والمتعددة الجنسيات، وهذا يجعله معقدًا وأكثر تكلفة من طرق الضرائب الأخرى المخصصة للشركات الصغيرة والمتوسطة الحجم.