يختلف إمام السنة عن باقي الأئمة في المذهب الشيعي في مجموعة من الجوانب، من بينها:
1- الاعتماد على السنة: حيث يحرص إمام السنة على الاعتماد على السنة في تفسير القرآن الكريم وفهمه، ويستخدم الأحاديث النبوية كمصدر رئيسي لتفسير النصوص القرآنية، بالإضافة إلى السنة في إعطاء الفتاوى والأحكام.
2- الرؤية الزيدية: حيث يقول إمام السنة في الزيدية بضرورة وجود إمام بعد النبي محمد صلى الله عليه وسلم، وأن هذا الإمام يجب أن يكون من ذرية النبي، ويكون قائماً في زمن معين لتحقيق العدالة والاستقرار في المجتمع.
3- الإمامة: في المذهب الشيعي الإمامة تعني قيادة المسلمين لأمور دينية ودنيوية، وتستمر الإمامة على مر العصور وتنتقل من إمام إلى آخر، أما في المذهب السني فالإمامة تعني قيادة الصلاة وبقية الشعائر الدينية.
4- التاريخ الخاص بالإمامة: وحتى لو كانت هناك بعض النقاط المتشابهة بين الإمام في المذهب السني والإمام في المذهب الشيعي، فإن هناك اختلاف في التفسير التاريخي لوجود الأئمة في المذهب الشيعي، حيث يكمن الفارق في الخلاف الذي وقع بين علي بن أبي طالب، قريب النبي محمد صلى الله عليه وسلم، والخلفاء الراشدين الذين جاءوا بعده، بينما في المذهب السني، لا يوجد هذا الخلاف.