تنظم تفاعلات البروتين في الكيمياء الفوق جزيئية بواسطة عدة آليات، بما في ذلك:
1- التغيرات الهيكلية: يمكن للبروتين أن يتبدل شكله ويتحول إلى هيئات مختلفة تؤثر على تفاعلاته مع الجزيئات الأخرى.
2- الربط الكيميائي: تتم عملية الربط الكيميائي بين البروتينات والجزيئات الأخرى بطرق مختلفة، مثل ربط الهيدروجين والربط الإيوني والربط التناظري.
3- الإشارات الخارجية: تستجيب البروتينات للإشارات الخارجية، مثل الهرمونات والإشارات العصبية، وتتفاعل مع الجزيئات الأخرى بناءً على هذه الإشارات.
4- التعاون الخلوي: يمكن للخلايا التفاعل مع البروتينات وتنظيم تفاعلاتها من خلال التعاون الخلوي والتواصل الخلوي.
يتم تنظيم تفاعلات البروتين بواسطة هذه الآليات وغيرها، وتتأثر هذه الآليات بعدة عوامل، مثل الظروف البيئية والمواد الكيميائية الأخرى التي تتفاعل مع البروتينات.