تطور الأجنة في الأمعاء يحدث في المرحلة المبكرة من الحمل، ويتأثر بالعديد من العوامل الوراثية والبيئية. يبدأ تطور الأمعاء بتكوين الشريان الأمعائي الرئيسي في الأسبوع الرابع من الحمل، ويستمر بتكوين الشرايين الفرعية الصغيرة الأخرى والأوردة والأسفلت الدموية.
ثم يتم تشكيل الجزء الأمامي من الأمعاء المخاطي في الأسبوع السادس من الحمل، ويتم تكوين الرباط المخاطي الأمعائي الوحشي في الأسبوع الثامن من الحمل. ويستمر هذا التطور بنمو الخلايا الجديدة وتكاثرها وتحركها وتحولها إلى أنسجة مختلفة مثل الأنسجة العضلية والعصبية والمخاطية والمرفقية.
وعند الشهر الثالث والرابع من الحمل يبدأ تطور الأمعاء في الانتهاء، حيث ينضج الأمعاء ويصبح جاهزًا للعمل بشكل فعال بعد الولادة.