تتم معالجة الطفيليات في المستشفيات بطريقة تعتمد على نوع الطفيليات ومدى تأثيرها على المريض. في حال كان المرض ناتجًا عن الطفيلى الدقيقة مثل الملاريا أو البيلهارسيا، يتم استخدام أدوية مضادة للطفيليات الدقيقة للتخلص منها. وفي حال كانت الطفيلية كبيرة الحجم مثل داء الشِّكَّ (السيسْتاتُسيةٌ الْكُبْدِيَّة)، يتم إزالتها جراحيًا باستخدام التخدير الموضعي أو العام.
كما يتم تقديم العلاج المناسب للأعراض الجانبية للإصابة بالطفيليات، مثل فقدان الشهية أو نقص الوزن أو التهابات الجلد. ويعتمد العلاج النهائي على نوع الطفيلية ومدى تأثيرها على الجسم. قد تستمر عملية العلاج لفترة طويلة حتى يتم التخلص تماماً من الطفيليات وتحسين الحالة الصحية للمريض.
