يتم إنتاج المواد الغذائية الثانوية بشكل طبيعي في النباتات والفطريات والبكتيريا والحيوانات عندما تتفاعل مواد كيميائية داخل الكائن الحي وتتم معالجتها بواسطة إنزيمات خاصة أو تحت تأثير العوامل الجوية الخارجية مثل الضوء والحرارة والتربة والتسمم. ومن أمثلة تلك المواد الغذائية الثانوية:
1. الليكوبين: وهو مادة ملونة تتواجد في الطماطم والفاكهة الحمراء الأخرى وتعمل كمضاد للأكسدة.
2. الفينولات: وهي مواد موجودة في الفاكهة والخضروات والمكسرات وتساعد في إبطاء شيخوخة الجسم وتحسين صحة القلب.
3. الكورسيتين: وهو مركب نباتي يوجد في الفواكه والخضروات الخضراء ويعمل كمضاد للأكسدة ومضاد للالتهابات.
4. الكاشوفيرول: وهو فيتامين E يوجد في الحبوب والمكسرات ويعمل على حماية الخلايا من الضرر الناتج عن الأكسدة.
5. الإيزوفلافونات: وهي مركبات تخفض نسبة الكوليسترول في الدم وتعمل على تحسين صحة القلب ويوجد في الفول والفاصوليا والمكسرات.
6. السابونين: وهي مركبات تساعد في تقليل نسبة الكوليسترول في الدم وتحسين صحة الجهاز الهضمي وتوجد في البصل والثوم والحبوب والبقوليات.
تستخدم هذه المواد الغذائية الثانوية في العديد من الصناعات الغذائية والدوائية والتجميلية.