يتطور الجهاز الهضمي في الأجنة عبر عدة مراحل. في الأسبوع الرابع من الحمل، يبدأ تشكل القناة الهضمية الأولية، والتي تتطور فيما بعد إلى الجهاز الهضمي النهائي.
في الأسبوع الخامس، تتشكل الجيوب الهضمية الأولية الثلاثة: الأمعاء القصيرة والأمعاء المتوسطة والأمعاء الطويلة. وفي الأسبوع السادس، تتشكل القناة الهضمية النهائية.
في الأسابيع التالية، يتطور الجهاز الهضمي بشكل أكبر من خلال تكوين الأنسجة والأعضاء الهضمية المختلفة، مثل المعدة والكبد والبنكرياس والأمعاء. يتم تكوين الثغرة الشرجية والثغرة الفموية في هذه الفترة أيضًا.
وفي الأشهر الأخيرة من الحمل، يتطور الجهاز الهضمي بشكل أكبر من خلال نمو وتطور هذه الأعضاء والأنسجة وتكون الأمعاء جاهزة للعمل بشكل صحيح عند الولادة.