يؤثر تلوث الماء بشكل كبير على المجتمعات البرمائية، فالماء هو موطن هذه الحيوانات ويعتبر مصدراً رئيسياً للغذاء والشراب والتكاثر. ومن بين الأضرار التي يسببها تلوث الماء للمجتمعات البرمائية:
1- الإصابة بالأمراض: يؤدي تلوث المياه بالمواد الكيميائية والملوثات الحيوية إلى انتشار الأمراض والعدوى بين المجتمعات البرمائية، ويزيد من مخاطر الإصابة بالأمراض المعدية والأمراض المزمنة.
2- تدمير الموائل: يؤدي تلوث المياه إلى تدمير الموائل الطبيعية للحيوانات البرمائية، ويتسبب في نقص الأكسجين وارتفاع درجة الحموضة والتلوث الضوضائي الذي يؤثر على الحيوانات.
3- تغيرات في السلوك والغذاء: يؤدي تلوث المياه إلى تغيرات في سلوك المجتمعات البرمائية وأنماط غذائها، حيث يتغير نوع الغذاء المتاح ويتراجع مصدر الطعام، مما يؤدي إلى تغيرات في السلوك الغذائي والتكاثري للحيوانات البرمائية.
4- انخفاض أعداد المجتمعات: يؤدي تلوث المياه إلى انخفاض أعداد المجتمعات البرمائية، حيث يموت الكثير من الحيوانات بسبب التلوث والتسمم، ويؤدي ذلك إلى تقليل الحيوانات البرمائية في البيئة.