يؤثر التشجير بشكل كبير على النظم البيولوجية باعتباره عملية بناء وتغيير للبيئة الطبيعية. ومن الآثار السلبية المحتملة:
1. تدمير وخسارة الموائل الطبيعية للحيوانات والنباتات المحلية، مما يؤدي إلى انخفاض تنوع الأنواع واختفاء بعضها.
2. تأثير المياه: إذا تم تشجير الأراضي القريبة من نهر أو بركة رئيسية، يمكن أن يؤدي ذلك إلى تغيير في هدر النهر، وتأثير على نظام الصرف الصحي للأنهار، وعلى الآبار الجوفية.
3. انتشار الأمراض: يمكن أن يؤدي تجمع كبير من الأشجار المختلفة إلى انتشار الآفات والأمراض الخاصة بالنباتات.
4. تأثير التربة: يمكن أن تتأثر التربة بشكل كبير لأن التشجير يؤدي إلى تجفيف التربة، وتكثيف الفترة بين الحراثة والزراعة، ويؤدي إلى تغيير في نظام الجريان بطول الأشجار.
5. تأثير على المناخ: يتم تخزين الكربون المنبعث خلال عملية التشجير في الأشجار. ومع ذلك، قد يؤدي إلى تغيير في الاحترار العالمي، وذلك لأن الأشجار تعمل على القضاء على ثاني أكسيد الكربون خلال عملية التنفس.