منهج سيدنا علي في تفسير القرآن كان مميزًا وفريدًا من نوعه، حيث كان يعمل على تفسير القرآن باستخدام عدة طرق وأساليب مختلفة. ومن بين تلك الأساليب:
1- الاستنباط الذاتي: كان يعتمد على استنباط واستخلاص المعاني من الآيات والألفاظ بنفسه، بما يتناسب مع خبرته الشخصية وفهمه للقرآن.
2- الوصف الصريح: كان يعتمد على الوصف الصريح لبعض المفردات والعبارات التي لم تكن واضحة في دلالتها.
3- الاستشهاد بالآيات الأخرى: كان يربط الآيات المتشابهة في المعنى ويوضح العلاقة بينها، ويستشهد بآيات أخرى لإبراز مفهوم معين.
4- التحليل النحوي: كان يستخدم النحو والصرف لتفسير بعض الآيات الملغزة، ويوضح أساليب التفكير النحوي واللغوي.
بالإضافة إلى ذلك، كان يستخدم المهارات الإقناعية والتأثيرية في توصيل أفكاره ومفاهيمه إلى الآخرين، ويكسب ثقتهم وانتباههم.