شكلت المدرسة الأيونية تأثيرًا كبيرًا على الفلسفة والعلوم المعاصرة، حيث أنها تركزت على البحث عن الطبيعة الأساسية للعالم والكون. وقد أسس أعضاء المدرسة الأيونية نظرية تفسيرية عامة مفتوحة تدور حول فكرة أن العالم يتألف من نوعين من المواد، المواد الملموسة والأنوية اللامادية الكاملة، وأن الكل يتأثر بالآخر، وهو مبدأ لا يزال ينطبق على دراسة الفيزياء الحديثة.
وتعتبر المدرسة الأيونية أول مدرسة فلسفية منظمة في التاريخ، وكان بوسع الفلاسفة الذين التحقوا بالمدرسة تحديد معايير للاهتمام الفلسفي والعلمي، وتمتد تأثيرات هذه الفلسفة إلى فلاسفة الفترة التاريخية اللاحقة، ومن هؤلاء: أناكسيمناس، أرسطو، ديموكريتس، هيراكليتس و آخرون.
