تختلف برامج الجوال عن برامج سطح المكتب في عدة عوامل، بما في ذلك:
1- الحجم: برامج الجوال تكون أصغر حجماً من برامج سطح المكتب، لأنها تمتلك موارد أقل (مساحة تخزين، الذاكرة وسرعة المعالجة).
2- تصميم الواجهة: برامج الجوال غالباً ما تكون مصممة بشكل يمكّن المستخدم من التنقل بأصابعه (عبر شاشة اللمس)، أما برامج سطح المكتب فغالباً ما تكون تصميمها يتطلب استخدام الماوس ولوحة المفاتيح.
3- نظام التشغيل: تختلف برامج الجوال عن برامج سطح المكتب بسبب نظامها المختلف، حيث يستخدم الهواتف الذكية والأجهزة اللوحية نظام تشغيل مختلف عن نظام تشغيل أجهزة الحاسوب.
4- الوظائف: يختلف غالباً الوظائف المتاحة في برامج الجوال عن برامج سطح المكتب، حيث تم تطوير برامج الجوال خصيصاً لتلبية احتياجات المستخدمين على الأجهزة النقالة وفي الوقت الحقيقي، بينما تصمم برامج سطح المكتب بشكل خاص للقيام بمهام محددة.