تختلف الطريقة التي تتعامل بها الحكومات مع الهندسة الزراعية الحيوية من بلد لآخر وتعتمد على القوانين واللوائح المحلية والدولية المعمول بها في هذه القضية. ومن بين الطرق الشائعة التي تتعامل بها الحكومات مع الهندسة الزراعية الحيوية:
1- الترخيص والتنظيم: تعتمد الحكومات في بعض البلدان على إصدار تراخيص والتنظيم للأبحاث والتجارب الزراعية الحيوية وتطبيق السيطرة عليها من قبل الجهات المعنية، مثل الهيئات الرسمية للتنظيم والرصد البيئي والصحي والجهات الصحية. ويتطلب هذا النوع من التعامل إجراء تقييمات علمية دقيقة لتقييم السلامة البيئية والصحية للمنتجات الزراعية الحيوية.
2- إجراءات الأمان البيولوجي: تتعامل الحكومات في بعض البلدان مع الهندسة الزراعية الحيوية من خلال تطبيق إجراءات الأمان البيولوجي التي تهدف إلى الحد من انتشار المنتجات الزراعية الحيوية وتأثيرها على البيئة والصحة العامة. وتشمل هذه الإجراءات تحديد المشكلات الصحية والبيئية المحتملة وإدارتها عن طريق إنشاء نظم مراقبة وتقييم وتدابير احترازية.
3- التسمية: يتعامل العديد من البلدان مع الهندسة الزراعية الحيوية عن طريق إدخال متطلبات وضوابط تسمح للمستهلكين بمعرفة ما إذا كانت المنتجات النباتية الحيوية مستخدمة في الإنتاج أم لا، وذلك عن طريق إدخال وسم محدد للزبائن.
4- الحوافز الاقتصادية: تدفع الحكومات في بعض البلدان الشركات الزراعية للاستثمار في الهندسة الزراعية الحيوية من خلال تقديم حوافز اقتصادية، مثل مزايا ضريبية وتحفيزات مالية مباشرة، لزيادة الإنتاج وتطوير التكنولوجيا.
5- النظم الخاصة بالاسمدة والمبيدات: تدفع الحكومات في بعض البلدان شركات الاسمدة والمبيدات للتحول إلى مواد أحدث وأكثر تكنولوجيا من خلال منح الشركات التي تزود الزراعة بالمواد قمامة الحوافز المالية، مثل الرواتب والمكافآت، والمساعدة المالية في التمويل وتحديد أهداف رئيسية لتطوير مستحضرات الانتاج.