الأنهار تؤثر بشكل كبير على البيئة المحيطة بها والنظم البيئية. الأنهار توفر بيئة رطبة ومتنوعة للحياة النباتية والحيوانية ويعتمد عليها الكثير من الكائنات الحية من حيث الغذاء والسكن. وتساعد الأنهار على تحسين جودة الهواء والأرض بحيث تعمل على تنقية المياه وتوفير الأوكسجين للهواء.
ولكن، يمكن بعض التأثيرات السلبية على الأنهار والبيئة المحيطة بها. النشاط البشري من خلال التلوث وبناء السدود والتجمعات السكنية والصناعية في مصادر المياه، يؤدي إلى إلحاق الضرر بالأنهار والبيئة المحيطة بها والنظم البيئية المرتبطة بها. وتؤدي التلوثات إلى إتلاف النبات والحيوان البري والأحياء الدقيقة في المياه، مما يعيق المنظومة البيئية. ويمكن أيضًا أن يتأثر الماء بالمبيدات الحشرية وغيرها من المواد الكيميائية التي تستخدم في الزراعة والمناجم والمنشآت الصناعية، مما يؤدي إلى التسمم البيئي واضطرابات بيئية أخرى.
ويؤدي بناء السدود إلى التحكم في مستوى المياه في الأنهار، مما يجعلها أقل مرونة في التعامل مع الأحوال الجوية في المناطق التي تمر بها الأنهار، ويزيد ذلك من خطر الفيضانات والتصحر ويؤثر على الأنواع الحية التي تعتمد على المياه بشكل شديد.
وبشكل عام، فإن تأثير الأنهار على البيئة والنظم البيئية يتوقف على التوازن بين المحافظة على الأنهار ومصادر المياه والأحياء النباتية والحيوانية التي تعتمد عليها، وتحسين جودة المياه والتحكم في التلوث واحترام النظم البيئية الحيوية.