تؤثر العوامل الفيزيائية والكيميائية المختلفة على التكتلات الجزيئية الفوق جزيئية بعدة طرق، منها:
1- درجة الحرارة: تؤدي زيادة درجة الحرارة إلى زيادة طاقة الحركة للجزيئات، مما يعمل على تقليل تواتر الجزيئات التي تكتلت معًا وتفكك التكتلات الجزيئية الفوق جزيئية.
2- الضغط: يؤدي زيادة الضغط إلى زيادة تجانس الحالة الوجودية للمادة، مما يجعلها أقل قابلية للتكتل وبالتالي تفكك التكتلات الجزيئية الفوق جزيئية.
3- التركيب الكيميائي: يمكن أن يؤثر تركيب المركب الكيميائي على قوة التكتل، فعلى سبيل المثال تكون التكتلات الجزيئية الفوق جزيئية أقوى في المركبات الهيدروجينية، والتي تحتوي على روابط هيدروجينية بين الجزيئات.
4- الفيلم السطحي: يمكن أن يؤثر وجود الفيلم السطحي على قوة التكتل، فعلى سبيل المثال يمكن للفيلم السطحي أن يعزز تكوين التكتلات الجزيئية الفوق جزيئية في بعض المواد، ويمكن للفيلم السطحي أيضاً أن يمنع تكتل الجزيئات في بعض المواد الأخرى.