تؤثر العوامل الثقافية على دراسة علم الجماجم بشكل كبير، حيث تختلف العادات والتقاليد والمعتقدات بين الثقافات المختلفة فيما يتعلق بمعالجة جثث الموتى وحفظها. ويمكن أن تؤثر هذه العوامل على عمليات جمع وتحليل الجماجم، مثل:
1- العادات الدينية والثقافية المتعلقة بمعالجة جثث الموتى، مثل القيام بأساليب خاصة لتنظيف الجثة والتحضير للدفن، مما يؤدي إلى تغييرات في هيكل وشكل الجمجمة.
2- العادات الثقافية المتعلقة بالدفن، حيث يتم دفن الجثث بشكل مختلف في ثقافات مختلفة، مما يؤثر على سلامة الجماجم وجودتها وصلاحيتها للدراسة العلمية.
3- العادات الثقافية المتعلقة بالتحليل الجيني والجينومي، حيث يختلف اعتماد الأفراد في بعض المجتمعات على علاجات تقليدية ووصفات خاصة للمحافظة على الصحة، ويمكن أن تؤثر هذه العلاجات على التحليل الجيني للجماجم.
بالإضافة إلى ذلك، قد يتضمن تحليل الجماجم أسئلة حساسة ومهمة، مثل الجنس والعرق، وقد تختلف طريقة التعامل مع هذه الأسئلة بين الثقافات المختلفة، مما يتطلب حساسية واحترام لهذه الاختلافات الثقافية في استخدام عينات الجماجم في البحث.