تؤثر العوامل البيئية على أحياء الصدفيات الدقيقة بعدة طرق، ومن بين العوامل الرئيسية التي تؤثر على هذه الصدفيات:
1- درجة حرارة الماء وتغيرها: يتوقف نمو وتكاثر الصدفيات الدقيقة على درجة حرارة الماء، وتختلف هذه الدرجة بحسب نوع حيوان الصدفيات. وعندما يحدث تغير في درجة حرارة الماء بشكل مفاجئ، فإن ذلك يؤدي إلى تغير في عملية التكاثر والنمو للصدفيات.
2- ملوحة الماء: تتأثر صدفيات الدقيقة أيضًا بتغيرات ملوحة الماء. فعندما تتعرض صدفيات الدقيقة لمياه ذات ملوحة عالية جداً ، يؤدي ذلك إلى تراجع وفتور في أحياء الصدفيات.
3- نسبة الأكسجين في الماء: تحتاج صدفيات الدقيقة إلى نسبة معينة من الأكسجين في الماء لعملية التنفس، وعندما يحدث إنخفاض في نسبة الأوكسجين، فإن ذلك يؤدي إلى اضطراب في عملية التنفس والنمو للصدفيات.
4- التلوث البيئي والكيميائي: قد تتعرض صدفيات الدقيقة للتلوث البيئي والكيميائي نتيجة استخدام الأسمدة والمبيدات الحشرية في المزروعات المحيطة بها، أو نتيجة تصريف مياه الصرف الصحي في المنطقة المحيطة بها. ويؤدي هذا التلوث إلى اضطراب في عملية التنفس للصدفيات والتضخم في بعض الأحيان.