تؤثر التجارة الحرة على القطاعات الزراعية بشكل كبير، فعلى الرغم من أن القطاع الزراعي هو أحد القطاعات الرئيسية في العديد من دول العالم، إلا أنه يعاني بشكل كبير من تداعيات التجارة الحرة.
عند تطبيق التجارة الحرة، يتم فتح الأسواق للمنتجات الزراعية قادمة من دول أخرى، وذلك يؤدي إلى تحسين الوصول إلى الأسواق الخارجية وتوفير مزيد من الفرص التجارية للمنتجات الزراعية المصدرة من الدول التي تمتلك مزايا تنافسية في هذا القطاع.
ومع ذلك، قد يؤدي التجارة الحرة إلى تأثير سلبي على القطاع الزراعي في بعض الدول، خاصة الدول النامية التي تعتمد بشكل أساسي على الزراعة كمصدر رئيسي للدخل. ويعود سبب ذلك إلى أن المنتجات الزراعية القادمة من الدول الأغنى قد تكون أرخص في السعر بسبب امتلاكها لتكنولوجيات أكثر تطوراً، مما يجعلها أكثر قدرة على التنافس مع المنتجات المحلية في الأسواق الداخلية، مما يؤدي إلى تقليل الإنتاج المحلي وفقدان الوظائف.
وبالإضافة إلى ذلك، فإن التجارة الحرة يمكن أن تزيد من حدة التركيز على أعداد قليلة من المحاصيل الزراعية الرئيسية، مما يجعل القطاع الزراعي في بعض البلدان أكثر تحكماً بالشركات الكبيرة. كما يمكن أن يؤدي التركيز على المحاصيل القليلة أيضاً إلى انعدام التنوع الزراعي، مما يجعله أكثر عرضة للكوارث الطبيعية والأمراض النباتية وغيرها من المخاطر التي قد تؤثر على النمو الاقتصادي للقطاع والدولة بأكملها.