تختلف نهاية قصة يونس حسب النسخة والتفسير الذي يتبعه كل شخص. ومن المعروف أن القصة تتحدث عن كيفية استجابة قوم يونس لدعوته بالتوبة، وعادة يؤكد القرآن الكريم في الآية 98 من سورة يونس أن الله عفا عن قوم يونس وأنه لم يهلكهم:
“فَلَوْلاَ كَانَتْ قَرْيَةٌ آمَنَتْ فَنَفَعَهَا إِيمَانُهَا إِلاَّ قَوْمَ يُونُسَ لَمَّا آمَنُواْ كَشَفْنَا عَنْهُمْ عَذَابَ الْخِزْيِ فِي الْحَيَاةِ الدُّنْيَا وَمَتَّعْنَاهُمْ إِلَى حِيْنٍ”
تفسير هذه الآية يعطي فكرة واضحة بأن قوم يونس توبوا في النهاية وعفا الله عنهم، ولكن لا يوجد وصف مفصل لما حدث عندما عاد يونس إلى قومه. ومع ذلك، يروي بعض التفاسير أنهم تابوا واعتنقوا الإسلام بعد عودته، في حين رأى آخرون أنه عاد إلى قومه لتوبيخهم على سوء سلوكهم وتحذيرهم من الله، وعادة يرتبط ذلك بأنهم تابوا في النهاية.