تعد الحدود الأسترالية الإندونيسية من أكثر الحدود المهمة في العالم، إذ تعد ممراً للتجارة البحرية وتربط بين البلدين. وتحتوي التجارة بين البلدين على عدة قطاعات، بما في ذلك الزراعة والمنتجات الغذائية والتعدين والطاقة والسياحة والتجارة الإلكترونية.
وبالنسبة للمنتجات الزراعية، تستورد أستراليا القهوة والشاي والموز والزهور والتوابل والمنتجات الأخرى من إندونيسيا، في حين تستورد إندونيسيا المنتجات الحيوانية والنباتية والألبان والأسماك واللحوم والرخام والحديد والنحاس والصلب وغيرها من السلع من أستراليا.
وتستفيد أستراليا أيضاً من النفط والغاز الطبيعي والفحم واليورانيوم وغيرها من موارد الطاقة التي توجد في إندونيسيا، بينما يستورد الإندونيسيون البنزين والمنتجات البترولية والتكنولوجيا والمعدات الطبية والإلكترونية وغيرها من السلع من أستراليا.
وتعتبر الحدود الأسترالية الإندونيسية ممراً للتجارة البحرية، وتربط بين موانئ كبيرة في البلدين مثل شمال أستراليا وجاكرتا وسورابايا في إندونيسيا. وهذا يعني أن التجارة بين البلدين تعتمد بشكل كبير على النقل البحري، وبالتالي فإن أي تغييرات في السياسة البحرية ستؤثر على حركة التجارة بين البلدين.
ومن المهم ملاحظة أن هناك بعض القضايا السياسية والأمنية الحساسة بين البلدين، مثل قضايا المهاجرين غير الشرعيين والحقوق البحرية وتنوع اللغات والثقافات وحماية بيئة الحدود البحرية. ومن المتوقع أن يستمر التعاون بين البلدين في هذه القضايا حتى يظل الممر المائي الحيوي بين البلدين آمنًا ومتاحًا للتجارة.