تدار المخلفات الزراعية في الهندسة الزراعية عن طريق:
1- استخدامها كسماد عضوي: تتحلل المخلفات الزراعية وتساعد في زيادة تربية التربة.
2- الحرق: يمكن استخدام المخلفات الزراعية كوقود لتوليد الطاقة الحرارية والكهربائية، ولكن هذه الطريقة تؤدي إلى إطلاق العديد من العوادم الضارة.
3- الكومبوست: يمكن إنتاج الكومبوست من المخلفات الزراعية ويمكن استخدامه كسماد.
4- المعالجة البيولوجية: يمكن معالجة المخلفات الزراعية باستخدام البكتيريا النافعة لتحليلها وجعلها قابلة للتحلل.
5- الرُّدم البلدي: يمكن ردم المخلفات الزراعية في المواقع المخصصة للردم.