أهم المخطوطات النصرانية العربية التي قام لويس معلوف اليسوعي بتحريرها ونشرها هي:
1. المسيحية المقارنة: هذا الكتاب يتناول قضايا دينية وفلسفية متعلقة بالمسيحية ويقارن بينها وبين الإسلام والأديان الأخرى. وهو من أكثر الكتب الهامة التي ألفها معلوف.
2. الأناجيل الأربعة باللغة العربية: وهي الترجمة العربية القديمة للأناجيل الأربعة التي تعود إلى القرن الثاني عشر الميلادي.
3. تفسير دائرة المعارف الكاثوليكية: وهو كتاب يشرح العقيدة الكاثوليكية بشكل مفصل.
4. الرسالة الكاثوليكية الأولى للبطريركيات: وهي رسالة تتناول المسائل الكنسية والدينية التي تتعلق بالروحانية الكاثوليكية.
5. سفر الرؤيا: وهو ترجمة عربية لسفر الرؤيا الموجود في العهد الجديد.