مسائل الخلاف بين الفقهاء في نظرية أحكام الطهارة تتعلق بمسائل متعددة، على سبيل المثال:
1- تحديد النجاسة: هل تعتبر بعض المواد والأشياء نجسة بطبعها أم يجب أن تكون متنجسة بشيء معين؟ مثلاً، هل يعتبر اللحم نجساً بطبعه أم يجب أن يتلوث بدم أو بول ليصبح نجساً؟
2- مسألة التلوث: كيف يحدث التلوث وما هي الأشياء التي يمكن أن تتلوث بها الأنسان؟ هل يكون التلوث باللمس فقط أم يمكن أن يحدث أيضاً بواسطة العبور الجسماني للمواد المتنجسة؟
3- توضيح الطهارة: هل يكفي أن تغتسل الأجزاء المتلوثة لتكون طاهرة أم يجب أن تتطهر بشكل كامل بما في ذلك الجسم والملابس والمكان؟
4- تعريف الطهارة: ما هو التعريف الصحيح للطهارة وما هي الشروط اللازمة لتحقيقها؟ هل تشمل الطهارة العقلية أيضاً أم فقط الطهارة الجسمية؟
هذه بعض الأمثلة على مسائل الخلاف بين الفقهاء في نظرية أحكام الطهارة، وهناك المزيد من المسائل التي يختلفون فيها أيضاً.