تعتبر نظم البرمجة اللغوية العصبية متقدمة وفعالة في حل المشاكل والتعلم، ولكن لا يمكن اعتبارها خالية من العيوب، ومن أهم هذه العيوب:
1. الحاجة للبيانات: تعتمد نظم البرمجة اللغوية العصبية على البيانات للتعلم والتنبؤ، وهذا يعني أنها تحتاج إلى كميات كبيرة من البيانات لتحقيق دقة عالية في النتائج.
2. العدم التفاعلي: لا يمكن للمستخدمين التفاعل مع نظم البرمجة اللغوية العصبية بنفس السهولة التي يتفاعلون بها مع الحواسيب العادية، مما يجعلها قد لا تكون مناسبة لبعض التطبيقات.
3. العدم الشفافية: يصعب تفسير سبب النتائج التي تعطيها نظم البرمجة اللغوية العصبية، وهذا يعني أنه يصعب فهم كيف تم إجراء الحسابات والتنبؤات التي تعتمد عليها.
4. التعقيد: تتعقد الأمور عند استخدام نظم البرمجة اللغوية العصبية، ويصعب التعديل على النظام بعد إنشائه، مما يعني أنه يحتاج إلى مهارات برمجية متقدمة لإدارته بشكل فعال.