توجد بعض العيوب المحتملة في عملية محاسبة التعاقد، ومن بينها:
1- زيادة التكلفة: يمكن أن تزيد محاسبة التعاقد من تكلفة المشروع بسبب تحمل تكاليف اللازمة لإجراء العمليات المحاسبية وتوظيف الموظفين الذين يديرون عمليات التعاقد.
2- تأخير في العملية: يمكن أن يؤدي التركيز على المحاسبة في عملية التعاقد إلى تأخير في إنجاز المشروع بسبب الوقت الذي يستغرقه العاملون في المحاسبة.
3- صعوبة إدارة العملاء: يحتاج متابعة التعاقدات إلى تواجد مستمر مع العملاء، ويمكن أن يكون ذلك مستعبدًا إذا كانت هناك العديد من العقود بالتزامات مختلفة.
4- التزامات إضافية: يمكن أن تتطلب عمليات التعاقد الإضافية مثل إعداد التقارير المالية الميسرة والسنوية والأخرى، مما يؤدي إلى تكلفة أعلى وتوليد إجهاد إضافي على العاملين.