بعض عيوب الحواسيب الهجينة هي:
1- السعر: قد يكون ثمن الحاسب الهجين أغلى من حواسيب اللابتوب التقليدية.
2- الوزن: قد يكون وزن الحاسب الهجين أثقل من حواسيب اللابتوب التقليدية.
3- قد يكون حجم الشاشة أصغر بشكل عام من اللابتوب التقليدي.
4- معالجة الحاسب الهجين لا تعطي الأداء الذي تعطيه الحواسيب اللابتوب التقليدية.
5- قد تكون بعض النماذج هشة أو غير متينة بسبب تصميمها الهجين وتحويلها بشكل مستمر بين الأجهزة المختلفة.
6- بعض الموديلات لا تأتي بوحدات قراءة وكتابة للأقراص الضوئية (مثل درايف الـ CD/DVD) مما يجعل العمل على قراءة الأقراص من النوع المذكور صعب.