توجد بعض العيوب في الاقتصاد الرقمي ومنها:
1- تحديات التوظيف: يمكن أن يؤدي التحول إلى اقتصاد رقمي إلى تفاقم التحديات التوظيفية في بعض القطاعات التقليدية.
2- عدم الاستجابة لاحتياجات فئات معينة: يمكن أن يؤدي التحول إلى الاقتصاد الرقمي إلى عدم استجابة بعض الفئات من المجتمع لاحتياجاتها، مثلاً الأشخاص ذوي الإعاقة الحركية الذين لا يتمكنون من استخدام بعض التقنيات الرقمية بسهولة.
3- الخصوصية والأمان: تواجه التقنيات الرقمية مشاكل حول الخصوصية والأمان، مما يؤدي إلى القضايا المتعلقة بالتجسس على المستخدمين وسرقة البيانات الشخصية.
4- التبعية التكنولوجية: يمكن أن يحدث التحول إلى الاقتصاد الرقمي تبعية تكنولوجية، حيث تصبح البلدان والشركات التي لا تتبنى التكنولوجيا الحديثة أو المتقدمة متخلفة وتفتقر إلى القدرة على المنافسة في السوق العالمي.
5- اعتمادية الأجهزة والبرامج: قد تواجه الشركات تحديات في مواكبة التطورات التكنولوجية، والاستثمار بشكل ثابت في تحديث الأجهزة والبرامج اللازمة للادارة الرقمية، وهذا قد يدخل في تكاليف إضافية تؤثر على الأداء المالي للشركات.