عيوب استخدام نظم المعلومات المحاسبية يمكن أن تشمل:
1- الاعتمادية: قد تتأثر المعلومات المحاسبية بالأخطاء الناتجة عن البشر مثل إدخال بيانات خاطئة.
2- تكلفة النظام: قد يحتاج النظام إلى تكاليف عالية لتحديث البرمجيات وشراء المعدات والتدريب.
3- الأمان: يجب أن يتم توفير مخازن آمنة عند استخدام نظم المعلومات المحاسبية حتى لا يتم الوصول إلى المعلومات من قبل أطراف غير مصرح بها.
4- تعقيد النظام: يمكن أن يصبح نظام المعلومات المحاسبية معقدًا جدًا وبالتالي يحتاج إلى خبراء للتعامل معه.
5- قدرة التكيف: يجب أن يكون النظام متجدد وقابل للتكيف لتلبية احتياجات الشركة النامية بمرور الوقت. وإلا فسيصبح النظام قديمًا وغير فعال.