يمكن أن يشمل عيوب استخدام طرق التدريس عبر الإنترنت ما يلي:
1- قدرة الطالب على التركيز والانتباه تعتبر أقل من التدريس الحضوري.
2- يواجه الكثير من الطلاب مشاكل تقنية، مثل مشاكل الانترنت الضعيفة ومشاكل الأجهزة.
3- قد يواجه بعض الطلاب صعوبة في فهم المواد ومعالجة الأسئلة اذا لم تكن هناك عملية تفاعلية بين المعلم والطلاب.
4- قد يكون هناك صعوبة في إيجاد روابط اجتماعية وتفاعلية بين الطلاب في بيئة التدريس عبر الإنترنت، مما يقلل من إمكانية تكوين علاقات اجتماعية وتطوير مهارات الاتصال.
5- قد ينتج عن التدريس عبر الإنترنت الشعور بالوحدة وعدم الاستمتاع بلقاء الأصدقاء والتثقيف معهم في مقررات معينة.
6- يمكن أن تشكل التدريس عبر الإنترنت تحديات بسبب عدم توافر الفُرص التدريبية الملائمة للإشراف الفعال والتحرير العلمي.