تخضع المحاسبة الحكومية لإطار تنظيمي وإداري مختلف عن المحاسبة في القطاع الخاص، ولذلك فإن طرق تسجيل العمليات المحاسبية في المحاسبة الحكومية تختلف تبعًا لهذا الإطار التنظيمي والإداري، ومن أهم هذه الطرق:
1- استخدام نظام الميزانية العامة: حيث يتم تسجيل العمليات المحاسبية في حسابات الميزانية العامة التي تتضمن كافة الايرادات والمصروفات والاستثمارات التي يقوم بها الجهاز الحكومي.
2- استخدام نظام الميزانية على أساس الأهداف : ويتم توظيف هذا النظام بإدارة البرامج والمشاريع الحكومية المختلفة، حيث يتم تسجيل العمليات المحاسبية في الحسابات التي تتعلق بأداء البرامج ومدى تحقيقها الأهداف المستهدفة.
3- النظام الحسابي المزدوج : يعتمد نظام المحاسبة الحكومية على هذا النظام في تسجيل العمليات المحاسبية، ويتم تسجيل كل عملية محاسبية مرتبطة بحركة مالية على الأقل في حساباتين، إحداها تمثل الحساب المدين والأخرى تمثل الحساب الدائن.
4- تسجيل العمليات المحاسبية عبر نظام الحاسب الآلي : وهو أحدث الطرق المستخدمة الآن في المحاسبة الحكومية، حيث يتم تسجيل العمليات المحاسبية عبر برامج تطبيقية مخصصة وبخاصية تربط تلقائيا بين الحسابات المدينة والدائنة.