هناك العديد من طرق التدقيق المحاسبي التي تستخدم في المحاسبة الحكومية، منها:
1- التدقيق الداخلي: وهو التدقيق الذي يجريه موظفون داخل المنظمة أو الجهة الحكومية ويهدف إلى تقييم العمليات والإجراءات المحاسبية والمالية والتأكد من مدى الامتثال للسياسات والاجراءات المتبعة.
2- التدقيق الخارجي: وهو التدقيق الذي يجريه مراجعون خارجيون وهدفه تقييم دقة وصحة القوائم المالية والإفصاح عن أي مخالفات أو هفوات توجد في الحسابات.
3- التدقيق القانوني: وهو التدقيق الذي يهدف إلى التأكد من توافر جميع الوثائق المالية والإجرائية والتأكد من صحة العمليات والإجراءات المالية والمحاسبية ومطابقتها للقوانين والأنظمة.
4- التدقيق الضريبي: وهو التدقيق الذي يهدف إلى التأكد من مطابقة الحسابات لأنظمة الضرائب والضرائب المحلية والضمان الاجتماعي.
5- التدقيق الجودة: وهو التدقيق الذي يهدف إلى تحسين الإجراءات والعمليات المالية والمحاسبية وتطوير التقارير المالية والإدارية لتحسين جودة العمل في المنظمة أو الجهة الحكومية.