تطبيقات الميتابولوميكا في علم النباتات تشمل :
1- فهم التفاعلات الميتابولومية في النباتات وكيفية تشكل وتحويل المركبات الكيميائية فيها.
2- تحليل الطيف الكامل للمركبات الكيميائية المتواجدة في النباتات وتحديد تأثيراتها على نمو وتطور النباتات.
3- تحليل مستويات الأيونات وعناصر النباتات في بيئات مختلفة وكيفية تأثير ذلك على تركيب المركبات الكيميائية المختلفة في النباتات.
4- دراسة تغييرات التعبير الجيني وتأثيرها على التفاعلات الميتابولومية وكيفية تأثيرها على نمو وتطور النباتات.
5- فهم تأثير العوامل البيئية المختلفة على تركيب المركبات الكيميائية في النباتات وتحسين الإنتاجية النباتية.