تواجه المحاسبة الحكومية العديد من المشكلات، ومن أبرزها:
1- التعقيد والتشعب في الإجراءات الحكومية.
2- صعوبة التنبؤ بالإيرادات والمصروفات في المستقبل.
3- عدم وضوح الأهداف في الميزانية الحكومية.
4- تحديات تكنولوجيا المعلومات (IT) وتأخر تحديث الأنظمة الحكومية.
5- عدم وجود أدوات ومعايير تقييم فعالية البرامج الحكومية ونتائجها.
6- صعوبة إدارة الحسابات المالية لعدم وجود أدوات ومعايير دقيقة لتقييم وإدارة المخاطر المالية.