هناك عدة مشكلات تواجه إدارة القطاع الحكومي ومن بينها:
1- البيروقراطية: تعاني الحكومات من تعقيد الإجراءات والإجراءات الطويلة والمهملة.
2- الفساد: يعتبر الفساد من أكبر التحديات التي تواجه إدارة القطاع الحكومي، ويمكن أن يتسبب في سوء التوزيع وإهدار الموارد.
3- نقص الموارد المالية: قد يواجه القطاع الحكومي نقصًا في الموارد المالية اللازمة لتنفيذ برامجه وخدماته.
4- عدم وجود تفاعل مع التغيرات السريعة: قد يعاني القطاع الحكومي من صعوبة التكيف مع التغيرات السريعة في البيئة المحيطة به.
5- العجز في المهارات والكفاءات: يمكن أن يكون هناك نقص في المهارات والكفاءات اللازمة لإدارة القطاع الحكومي بشكل فعال وفعال.
6- نقص الشفافية والمساءلة: قد يعاني القطاع الحكومي من نقص في الشفافية والمساءلة، مما يؤثر على ثقة المواطنين في الحكومة.